周作人曾經提及：翻閲《詩經新注》「頗有用處」，並稱「山本溪愚世爲儒醫，精通本草學，善繪畫，所圖畫動植凡千四百幅三千餘種，皆極精美，又能詩文，著有《對竹齋詩集》及《七經解》，俞曲園先生見之，曾貽書稱其能詮明古學，真有志之士也云」。一九〇二年，清儒吴汝綸奉命赴日本考察學制，與山本章夫一見如故，稱其爲「儒宗」，回國後曾寄書給他。

山本章夫著書頗豐，與經學相關者，有《論語補注》《孟子補注》《考訂大學》《考訂中庸》《詩經新注》《易經新注》《春秋經文直解》《考訂孝經》等，其中《論語補注》成爲清朝時期湖南省湖南學堂之教科書。

他身處新舊變動的明治時期，其經學研究成果，不僅體現了日本學者對中國古代經典的熱愛，也反映了當時日本漢學的發展水平。今將其經學著作彙編爲《山本章夫校注中國古籍集》五册，並於篇末附《溪愚山本章夫先生小傳》，以饗讀者。