《黑水城出土汉文医学文献研究》马研究黑水城出土汉文医学文献的学术专着。
　　《黑水城出土汉文医学文献研究》分上下两篇，上篇为出土汉文医学文献的整理校释，下篇为文献的专题研究。
　　全书对收录的36件医学文献进行了全方位的系统性研究，如文献收集与编目、文献题名与分类、文献的形制研究、原文献的判定、抄写年代研究以及从医学、社会史等角度进行深入阐释等。
　　《黑水城出土汉文医学文献研究》可供从事黑水城出土史料研究的相关专家与学者阅读参考。

　　黑水城文献大规模的发掘共有三次：一是1908-1909年俄国人科兹洛夫的挖掘所得，今藏于俄罗斯科学院东方研究所圣彼得堡分所；二是1914年英国人斯坦因第三次中亚探险时所进行的挖掘所得，今藏于英国大英图书馆；三是1983-1984年由内蒙古文物考古研究所、阿拉善文物工作站的发掘所得，今藏于内蒙古自治区文物考古研究所、阿拉善盟博物馆和额济纳旗文物管理所。其他如日本天理大学、法国国家图书馆等亦有部分收藏。在各方的努力下，以上各国馆藏出土西夏文献已陆续公布出版，使学者都能一睹其真容，进行更多的研究。出土西夏文献包括西夏文文献和汉文文献，据相关统计，西夏文文献约占出土西夏文献的8094，是既往西夏学研究的重点。但近年来，出土西夏汉文文献的研究也越来越受到重视，为西夏政治、经济、文化等方面的研究提供了新材料与新视角。
　　以下就俄藏、英藏、中国藏及日藏、法藏出土西夏文献的收藏与整理出版情况略作介绍：
　　俄藏西夏文献收藏于俄罗斯东方研究所圣彼得堡分所，主要为西夏文文献和汉文文献，也有部分其他少数民族文字文献。文献整理公布的主要着作是《俄藏黑水城文献》一书（共25册，汉文文献收录于前6册中），由于入藏无编号、存放混乱等多种原因，该书中混杂有部分敦煌文献，主要是奥登堡等人于敦煌北区石窟发掘的文献残片。同样，《俄藏敦煌文献》中收录的也有部分西夏文献，学者们已经进行了较多的分辨研究。如荣新江《<俄藏敦煌文献>中的黑水城文献》（2007）一文汇集前人成果，指出《俄藏敦煌文献》一书中收录出土地实为黑水城的文献共120余件。孙继民等则指出《俄藏敦煌文献》1-17册中混入的黑水城文献共203件，其中仅有41件被收录于《俄藏黑水城文献》第六册中。
　　英藏西夏文献收藏于大英图书馆东方部，其中除西夏文文献、汉文文献外，其他还有少量梵文、藏文等文献。早期进行文献整理公布的有马伯乐《斯坦因在中亚细亚第三次探险所获中国古文书考释》（1953）和郭锋《斯坦因第三次中亚探险所获甘肃新疆出土汉文文书——未经马斯伯乐刊布的部分》（1993）两书，并着力于文字校释等，无图版。进入21世纪以后，沙知、伍芳思《斯坦因第三次中亚考古所获汉文文献（非佛经部分）》（2005）在马伯乐和郭锋的基础上新增加了不少文献，并附以图版，便于研究者利用。其后，由西北第二民族学院、上海古籍出版社和英国国家图书馆联合编纂的《英藏黑水城文献》（共五册，前四册于2005年出版，第五册于2010年出版），在沙知等先生之外，又增加收录了不少新残卷。其中，英藏西夏汉文文献的总数，经孙继民等⑧统计，共计425件。其分布为：马伯乐收录34件，郭锋收录6件，沙知、伍芳思收录298件，《英藏黑水城文献》收录87件。